Conciliarismo y el josefinismo.

Igualmente que respecto a la vida interior, se dieron posiciones heterodoxas respecto de la concepción de la Iglesia, o, más precisamente, de la organización eclesiástica. La Iglesia romana estaba abandonando la forma medioeval de gobierno y convirtiéndose en una monarquía moderna, es decir, absolutista, como lo estaban haciendo, era el prejuicio de la época, todas las naciones europeas. Esto iba a contrapelo de la tradición y naturalmente creó serias resistencias y objeciones de quienes querían más bien desarrollar la forma tradicional de gobierno, estos disidentes pasaron a ser heterodoxos[7].
Los movimientos de reacción contra la pretensión pontificia de autonomía absoluta y jurisdicción suprema se darán tanto dentro de la Iglesia (el conciliarismo) como fuera de ella, por parte del poder civil, que pretende tener jurisdicción superior a la de la Santa Sede y los sínodos en diversos asuntos de eclesiásticos y de costumbres. Estas doctrinas se conocen como josefinismo, por haber sido propuestas por la casa de Austria durante el reinado del Emperador José II (1741-90), quien se entrometió en los asuntos eclesiásticos.